Die beiden erhaltenen Passionen (nach Johannes und Matthäus) bilden den Höhepunkt der deutschen Oratorienkunst. Ihrer musikalischen Eigenart nach könnte man sie wohl als ins Monumentale gehobene Kantaten ansehen. Es gibt kompositorisch in ihnen nichts, was nicht auch in der „kleineren“ Gattung verwendet worden ist. Dennoch verbietet sich der Vergleich der beiden Gattungen miteinander. Die oratorische Passionsgestaltung greift nach einem Thema, das in seiner inneren und äußeren Größe der Kantate letztlich unzugänglich bleibt und in der musikalischen Umsetzung seine eigene künstlerische Dimension hervorbringt.

Bachs Johannespassion knüpft in ihrer musikgeschichtlichen Stellung an Modelle älterer deutscher Passionsmusiken an. Die seit 1712 verbreitete Passionsdichtung des Hamburgers Barthold Heinrich Brockes nahm offenbar besonderen Einfluss auf die gedichteten Teile des Textes. Der Textdichter Bachs ist nicht bekannt, seine eigene Autorschaft wird allerdings nicht ausgeschlossen. Die Textgrundlage für seine Komposition bildet selbstverständlich der Bericht des Evangelisten Johannes (Joh. 18 und 19), hinzu kommen noch einige Einschübe aus dem Matthäusevangelium (Matth. 26, 75 und 27, 51-52).

Die kompositorische Entstehungsgeschichte ist infolge zahlreicher von Bach vorgenommener Änderungen besonders unübersichtlich. Zwei Fassungen existieren von diesem Werk, von denen die erste am 7. April 1724 in der Leipziger Nikolaikirche uraufgeführt wurde, die zweite ein Jahr später in der Thomaskirche. Bach ist jedoch in späteren Jahren zur Fassung von 1724 zurückgekehrt, die auch heute fast ausnahmslos verwendet wird. Eine der wohl interessantesten Veränderungen, auch in theologischer Hinsicht, betrifft den Eingangschor. Ursprünglich bildete der Choral „O Mensch, bewein dein Sünde groß“ (heute Schlusschoral des ersten Teils der Matthäuspassion) den Beginn der Johannespassion, womit Bach sich an die Tradition hielt, im Eröffnungssatz auf die Leiden des Heilands einzugehen und für die vorgestellten musikalischen

Affekte, solche des Leidens und des Schmerzes zu wählen. Der Theologie des Johannesevangeliums folgend, entschied sich Bach, in der wohl als endgültig zu bezeichnenden leicht geänderten Fassung von 1724, allerdings dafür, Christus nicht als Dulder sondern als Herrscher darzustellen. So wie der jüngste Evangelist deutlich herausarbeitet, dass Jesus als das fleischgewordene Wort Gottes über seinen Leidensweg allzeit frei entscheidet und seine Hoheit nie verliert, so stellt auch Bach in der Musik des Eingangschors Christi Souveränität dar. Zweifellos steht hinter Bachs kunstvoller Kompositionsweise ein symbolischer Ausdruck, möglicherweise derjenige der Trinität. Gott Vater findet seine Versinnbildlichung im Bassfundament; an die Leiden Jesu gemahnen die oft auf betontem Taktteil dissonierenden, zum Teil streng kanonisch geführten Holzbläser mit ihren „Schmerzensintervallen“ (kleine und übermäßige Sekunde, Tritonus und große Sept); das Wehen des heiligen Geistes wiederum wird durch die wogenden Bewegungen der Streicher dargestellt. Über dieser kompositorischen Trinität steht ein breit angelegter Vokalsatz, der in rhetorischem Gestus den Gottessohn als Herrscher anruft – die knappen akkordischen Rufe und wogenden Melismen, können hier als die Krönung des selbst im Leiden triumphierenden Christus gedeutet werden.

Ein weiterer Höhepunkt des dramatischen Passionsgeschehens sind die „turbae“- oder Volkschöre. In seinem unvergleichlichen Kompositionsstil ist es Bach gelungen diese besonders plastisch darzustellen. In Chören wie „Wäre dieser nicht ein Übeltäter“ (Nr. 23) und „Lasset uns den nicht zerteilen“ (Nr. 54) tritt diese Plastizität mit am besten zu Tage. Im ersten der erwähnten Chöre prangert das Volk in auf- und absteigenden chromatischen Figuren die vermeintlichen „Missetaten“ und „Verbrechen“ Jesu an, während im Chor Nr. 54 in besonders anschaulicher Form um den Rock des Gekreuzigten gelost wird. Aufsteigende Synkopen, die nacheinander durch alle Stimmen gehen, stellen den eskalierenden Streit um die Kleidung Christi dar; schnelle Sechzehntelläufe, wiederum in allen Stimmen, das Rollen des Würfels der zur endgültigen Klärung des Streits verhelfen soll.

Albert Schweitzer hat das, was Bach hier gelungen ist wohl am besten auf den Punkt gebracht: „ Seine Johannespassion ist das Werk eines dichtenden Denkers, der sich in der Sprache der Töne ausdrückt.“